APT предоставляет две основные команды apt-get и apt-cache. APT использует понятие зависимости, введенное пакетным менеджером нижнего уровня: упрощенно говоря, пакет A зависит от пакета Б, если пакет А не может работать в отсутствии пакета Б. Основные сценарии работы пользователя - установка, удаление пакета, обновление системы до уровня репозитория - выполняются командой apt-get, которая гарантирует целостность системы зависимостей после любой выполненой операции.

Установка пакета приводит к установке вместе с ним всех пакетов, от которых зависит данный и выполняется командой:

  apt-get install <ИМЯ ПАКЕТА>

Удаление пакета приводит к удалению вместе с ним всех пакетов, которые от него зависят:

  apt-get remove <ИМЯ ПАКЕТА>

Существуют также команды частичного и полного обновления пакетов системы:

  apt-get upgrade

  apt-get dist-upgrade

После выполнения которых в системе будут установлены новые версии почти всех пакетов, которые существовали в системе ранее. Слово "почти" появляется из-за контроля зависимостей, так как полное обновление всех пакетов системы может оказаться невозможным из-за изменившихся зависимостей между пакетами. При этом команда apt-get upgrage сохраняет список пакетов, даже ценой отказа от установки более новых, а команда apt-get dist-upgrade эвристически разрешает зависимости и может "доставить недостающие" пакеты ... или же снести некоторые существующие, стремясь к тому, что бы после ее работы были установлены только новые версии пакетов.

Команды APT предусматривают наличие (сетевого) репозитория, из которого и происходит установка пакетов. В общем случае, репозиторий - это непрерывно обновляющаяся база пакетов, из-за чего, собственно, и происходит понятие обновления системы. Для успешной работы программ APT необходимо синхронизировать локальные индексы пакетов с индексами репозитория, что выполняется командой:

  apt-get update

Подробнее можно прочитать здесь: http://www.ru.debian.org/doc/manuals/apt-howto/

В настоящее время, существует много аналогичных проект, среди которых стоит упомянуть PyPI, ориентированный на питоновские пакеты.