Если кратко, то интерфейс IAnnotations не более чем словарь, в котором аннотации хранятся под уникальными ключами. Суть протокола работы с аннотациями в том, что ни один компонент не предоставляет интерфейс IAnnotations непосредственно, вместо этого, предоставляется иной интерфейс (чаще всего - IAttributeAnnotatable), из которого интерфейс IAnnotatons получается посредством специального адаптера. Этот адаптер и реализует тот или иной механизм хранения аннотаций.

Таким образом, переключая интерфейс объекта можно выбрать хранилище, которое будет использовано для хранения аннотаций.

Аннотации используются для хранения информации о доступе пользователей, мета-информации дублинского ядра или для ассоцииации компонент в период работы. Программирование и использование аннотаций хорошо описано в статье "Аннотации.txt"